1986 yılında İstanbul Teknik Üniversitesi Maden Mühendisliği Bölümü’nden mezun olan Ömer Muzaffer Baktır, Pamukbank’ta başladığı kariyerine bankacılık sektöründe yönetici olarak devam etmiştir.

Sırasıyla Halk Bankası’nda Krediler ve Pazarlama Genel Müdür Yardımcısı, Cengiz Holding’de CFO ve Grubun elektrik dağıtım şirketlerinin İcra Kurulu Üyesi, Ziraat Bankası’nda Pazarlama ve Dönüşümden Sorumlu Genel Müdür Yardımcısı olarak görev yapmış, aynı kurumun çeşitli yurt dışı şirketlerinde gözetim ve yönetim kurullarında görev almıştır.

2017-2018 yıllarında, Erdemir Grup’ta Yönetim Kurulu Başkanlığı yapmıştır. 5 Şubat 2018 tarihinden bu yana, Kazancı Holding Yönetim Kurulu Başkan Vekili olarak görevini sürdüren Baktır ayrıca, Aksa Jeneratör İcra Kurulu Başkanı, Aksa Enerji ve Kazancı Holding İcra Kurulu Üyesi’dir.